企業(yè)所得稅是法人所得稅制，分公司不是企業(yè)所得稅人，但分公司所得應(yīng)當就地預(yù)繳企業(yè)所得稅。??企業(yè)所得稅的?基本稅率為25%，雖然總機構(gòu)適用25%稅率，但對分公司設(shè)立在特定區(qū)域，比如分公司設(shè)立在海南自由貿(mào)易港，并且符合條件的，分公司可以享受15%稅率優(yōu)惠。由此形成總、分機構(gòu)企業(yè)所得稅適用稅率不一致，如何預(yù)繳或匯算清繳企業(yè)所得稅？

根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法〉的公告》（國家稅務(wù)總局公告2012年第57號）第六條規(guī)定，匯總納稅企業(yè)按照《企業(yè)所得稅法》規(guī)定匯總計算的企業(yè)所得稅，包括預(yù)繳稅款和匯算清繳應(yīng)繳應(yīng)退稅款，50%在各分支機構(gòu)間分攤，各分支機構(gòu)根據(jù)分攤稅款就地辦理繳庫或退庫；50%由總機構(gòu)分攤繳納，其中25%就地辦理繳庫或退庫，25%就地全額繳入中央國庫或退庫。第十五條規(guī)定，總機構(gòu)應(yīng)按照上年度分支機構(gòu)的營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額三個因素計算各分支機構(gòu)分攤所得稅款的比例；三級及以下分支機構(gòu)，其營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額統(tǒng)一計入二級分支機構(gòu)；三因素的權(quán)重依次為0.35、0.35、0.30。計算公式如下：某分支機構(gòu)分攤比例=(該分支機構(gòu)營業(yè)收入/各分支機構(gòu)營業(yè)收入之和)×0.35+(該分支機構(gòu)職工薪酬/各分支機構(gòu)職工薪酬之和)×0.35+(該分支機構(gòu)資產(chǎn)總額/各分支機構(gòu)資產(chǎn)總額之和)×0.30。

舉例1：跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)甲公司2023年一季度實現(xiàn)的實際利潤為2000萬元。甲公司適用稅率為25%，另外甲公司跨地區(qū)設(shè)立了兩家分公司，其中在海南自由貿(mào)易港有一家A分公司，符合條件享受15%優(yōu)惠稅率，在湖北設(shè)立了一家B分公司，適用稅率為25%。按照上年度分支機構(gòu)的營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額三個因素的權(quán)重計算，假設(shè)A分公司分攤比例為60%，B分公司分攤比例為40%。一季度總公司應(yīng)納稅分攤所得額＝2000×50%=1000萬元，總公司應(yīng)預(yù)繳企業(yè)所得稅250萬元；一季度A分公司應(yīng)分攤納稅所得額＝1000×60%=600萬元，應(yīng)預(yù)繳企業(yè)所得稅＝600×15%=90萬元；一季度B分公司應(yīng)分攤納稅所得額＝1000×40%=400萬元，應(yīng)預(yù)繳企業(yè)所得稅＝400×25%=100萬元。

舉例2：仍以上述為例，假設(shè)甲公司2023年度企業(yè)所得稅匯算清繳結(jié)果，實現(xiàn)的企業(yè)所得稅應(yīng)納稅所得額為10000萬元。則2023年度總公司分攤應(yīng)納稅所得額＝10000×50%=5000萬元，總公司應(yīng)就地繳納企業(yè)所得稅為1250萬元，扣除已預(yù)繳的企業(yè)所得稅，多退少補；2023年度A分公司應(yīng)分攤納稅所得額＝5000×60%=3000萬元，應(yīng)就地繳納企業(yè)所得稅＝3000×15%=450萬元，扣除已預(yù)繳的企業(yè)所得稅，多退少補；2023年度B分公司應(yīng)分攤應(yīng)納稅所得額＝5000×40%=2000萬元，應(yīng)就地繳納企業(yè)所得稅＝2000×25%=500萬元，扣除已預(yù)繳的企業(yè)所得稅，多退少補。

《國家稅務(wù)總局關(guān)于營業(yè)稅改征增值稅試點中非居民企業(yè)繳納企業(yè)所得稅有關(guān)問題的公告》（國家稅務(wù)總局公告2013年第9號）規(guī)定，營業(yè)稅改征增值稅試點中的非居民企業(yè)，取得《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》第三條第三款規(guī)定的所得，在計算繳納企業(yè)所得稅時，應(yīng)以不含增值稅的收入全額作為應(yīng)納稅所得額。根據(jù)上述規(guī)定，支付境外銀行利息，代扣代繳的企業(yè)所得稅計稅依據(jù)為不含稅金額。